当前，推动大众创业、万众创新，是我国经济增强活力、实现转型升级的重要途径。在此背景下，孵化器作为科技创新的重要载体应主动发挥作用，积极打造“众创空间”，构建孵化联盟，为大众创业、万众创新提供综合服务平台。孵化联盟应以政府部门、创投机构、孵化器为主，涵盖创业企业以及创业服务机构。其中，孵化器是主导方和发起方，政府和创投机构是响应方，其他服务机构是配合方，通过多方协作形成以孵化器为资源聚集和分配中心的完整的创新产业链和价值链。孵化联盟以市场需求和各方共同利益为基础，以增强创业创新活力为目标，以具有法律约束力的契约为保障，形成优势互补、利益共享、风险共担的联盟组织，从而提高孵化效率，为引领经济新常态注入科技创新的强大动力。构建孵化联盟，应着力做好以下工作。
        吸引多元化主体参与孵化联盟。成熟的孵化联盟应包括政府部门、科技企业孵化器、创业企业、创投机构、科研机构、中介服务机构等与科技创业相关的各类主体。为此，政府应制定相应政策鼓励科技服务主体加入联盟。孵化联盟中资源多样化程度高，成员之间能够通过共享机制补充自身不具备的资源。这有助于资源的有效互补和合理配置，节约交易成本，获得更大竞争优势，从而更好地发挥孵化联盟的功能，提高科技企业创业成功率。
        建立深层次联盟伙伴合作关系。孵化器应承担起加强联盟伙伴关系建设的任务，通过定期开展企业联谊会、经验交流会等方式，促进联盟成员之间的沟通交流。孵化器应帮助创投机构获得企业更全面、更真实的信息，促进解决信息不对称问题。这样，一方面可以降低创投机构的投资风险，另一方面可以使企业得到更多融资机会。诸如此类，只有建立深层次联盟伙伴合作关系，进而形成一致的价值观和利益导向，减少矛盾，形成有效的关系联接，才能提高合作项目成功的可能性。
        维护公平的创业孵化合作环境。创业孵化合作过程的公开、公平、公正，不仅有利于减少合作过程中的冲突，而且能够吸引更多企业加入，促进孵化联盟发展。为此，应探索建立专业化孵化联盟管理机构，关注联盟合作、交流、交易的公平性，基于一套公正合理的规则和程序确保孵化联盟运作的有效性。孵化联盟管理机构应积极探索化解个体理性与集体理性冲突的方式，通过加强沟通、平等交流、换位思考，对合作伙伴的不同意见和诉求进行科学辨识、吸收并作出相应策略调整，努力使合作伙伴形成良好的信任关系，减少冲突。加盟企业应加强自律，自觉维护孵化联盟的共同利益，不投机取巧。
鼓励市场化的运营管理制度创新。孵化联盟应通过市场化的运营管理制度创新，实现孵化器、科技企业、政府、创投机构、服务机构等多方共赢，提高政府资金使用效率，提高孵化联盟参与方的经营绩效，解决中小企业融资难、融资贵等问题。除了现有的以政府财政投入为主要手段的模式，孵化联盟还可以依靠自己的创新优势进行风险投资、股权质押等多种市场运营，在确保公共资源安全的前提下盘活自身资源，不断发展壮大。
        加强专业化的孵化人才队伍建设。制定与孵化联盟建设相适应的人才队伍建设长远规划，建立合理的孵化联盟人才评价与激励机制，吸引各类人才从事科技孵化联盟的服务和运营工作，形成一支专业化人才队伍，包括企业联络员、创业辅导员和创业导师等。