宗教事务管理是一项极其复杂的系统工程。广义的宗教事务管理，其管理主体不仅包括政府宗教事务部门和有关部门，还包括宗教团体、宗教内部管理组织，以及参与管理的各种社会力量；管理的客体不仅包括宗教方面涉及国家利益和社会公共利益宗教事务，以及社会方面涉及宗教界的事务，还包括除此之外的其他各种宗教事务。在新的历史条件下，改进和创新我国宗教事务管理势在必行。
路径选择
依法管理、社会管理、民主管理“三管齐下”
        深化依法管理。依法管理作为当前整合宗教事务的主要手段，既符合建设法治政府走向，又与国际惯例对接，应重点在以下几个方面加以深化：一是针对一些基层宗教部门在新一轮机构改革中被撤并，或同统战、民族等部门合署办公，执法主体资格被弱化、“边缘化”等问题，深入研究破除体制性障碍，强化基层执法主体建设，解决执法人员工作条件、待遇、出路等切身利益和后顾之忧，为依法管理、科学执法奠定基础。二是加强宗教法律法规宣传普及。一方面要加强对宗教界人士和信教群众的宣传教育，提高知法守法意识，另一方面，要重视对宗教工作队伍的学习培训，提高执法能力和裁度水平，防止“越位”、“缺位”。
        创新社会管理。社会管理是当前推进宗教事务管理的新趋向，其要旨是调动整合基层社区、社会组织、企业、单位等各种力量，实现对宗教事务的协同管理和综合治理。一是把以人为本理念贯穿到社会管理的全过程，把做好信教群众工作作为社会管理的主轴，把为群众搞好服务作为社会管理的职能，把群众赞不赞成、满不满意、拥护不拥护作为评价管理成效的重要标准，最大限度激发管理活力。二是着眼扩大社会管理范围、增强社会管理功能，把部分宗教事务分解给有关部门、宗教团体和社会力量，营造协同配合、各司其职、齐抓共管、综合治理局面。比如：因宗教因素引发的突发事件，主要由政法部门牵头，统战、宗教部门协调解决；防范抵御校园传教问题，主要由统战、教育部门牵头，公安、宗教等部门配合解决等。三是把加强社会管理同满足宗教界人士和信教群众合理需求、依法保障合法权益、发挥宗教界人士积极作用结合起来，统筹协调好各方利益关系。
        改进民主管理。在当前依法管理不断深入，群众的自主意识、民主意识和法制意识不断提高的背景下，民主管理的潜力和活力有待进一步挖掘释放：一是推动宗教部门转变职能、转换角色，采取指导、引导和疏导等方式实施宏观管理，避免出现过多干涉或介入宗教团体、宗教活动场所内部事务，管死办法多、管活手段少等现象。如，政府通过举办培训班等，帮助宗教团体提高自主管理能力，帮助宗教活动场所民主管理组织提高管理水平等。二是对宗教团体进行清晰定位，厘清宗教团体与宗教部门、其他社会团体、宗教活动场所、宗教教职人员、宗教文化市场和宗教涉外活动等之间关系，赋予其一定协调管理和自主管理宗教事务的职能（开展公益慈善活动、培训教职人员、参与宗教活动场所规划、公共服务及其他社会事业等），使其更好发挥优势，减轻政府负担，满足群众需求。三是积极顺应信教群众知情、参与以及反映诉求愿望日渐增强的新趋势，探索辖区推荐、群众推荐、教会推荐相结合的新办法新措施，完善各类民主管理组织，挖掘释放民主管理潜能，提升自主管理水平。
模式构建
依法管理、社会管理、民主管理“三位一体”
        厘清内在关系。从管理重点和目的看，依法管理协调的是法律与宗教、政府与宗教之间的关系，社会管理协调的是社会与宗教的关系，民主管理协调的是宗教内部的关系。从逻辑关系看，依法管理是社会管理和民主管理的保障，社会管理是依法管理和民主管理的拓展延伸，民主管理是依法管理和社会管理的重要基础。三者各有侧重，相互补充，统一于建立和发展宗教正常秩序，使之与社会主义社会相适应这个终极目标。
        加强协调对接。管理的本质是协调。依法管理、社会管理、民主管理作为不同的管理方式，其主体、客体、内容、方式、目的都不尽相同，但也有所重叠。为此，需要在协调上求突破、求创新。比如，对宗教界和信教群众合法权益的保护，既需要依法管理进行保障，也需要社会管理积极参与。又比如，在宗教事务急剧增加、空前融入社会的情况下，一些宗教事务(成因复杂、症结错综的宗教房产遗留问题等)的范畴很难清晰界定，相关问题也无法截然分开，有时既可通过依法管理来裁定，又可采取社会管理的方式来协商解决。在这种情况下，应建立完善管理协调和效果评价体系，综合权衡，审慎决策。
        现“三位一体”。从系统理论的角度来看，依法管理、社会管理、民主管理，三者都是宗教事务大管理系统的组成要素。构建“三位一体”模式，并不意味着将依法管理、社会管理、民主管理简单相加，而要结合新的实践、新的情况和新的问题，深入研究分析三者的特点、功能、优势、范畴及其内在关联，坚持分类治理与总体控制相统一，因教、因地制宜，使三者既各行其是、各得其所，又相互协调、立体结合，最大限度发挥出“三位一体”模式“整体大于部分之和”的管理效应。